Konverter für Massenspektrometriedaten

Der NFDI4Chem-Converter Service

Der NFDI4Chem Converter Service schafft einen einheitlichen Rahmen für den Einsatz modularer, chemiespezifischer Datenkonverter und erleichtert so die optimierte Datenumwandlung, Validierung und Einhaltung offener Standards. Der mit Flask entwickelte und der OpenAPI-Spezifikation entsprechende Dienst stellt eine RESTful API bereit, um eine nahtlose Integration mit anderen Komponenten der NFDI4Chem-Infrastruktur zu ermöglichen. Seine Bereitstellung wird durch Containerisierung als Docker-Image optimiert und durch Helm-Charts ergänzt, um eine effiziente Orchestrierung innerhalb von Kubernetes-Umgebungen zu unterstützen. Derzeit ist ein Konverter für Massenspektrometriedaten verfügbar, der über Docker und Helm verteilt wird, um Reproduzierbarkeit und einfache Integration zu gewährleisten. Zukünftige Iterationen werden die Unterstützung auf weitere Datenformate ausweiten.

Zur Unterstützung interaktiver Tests wurde eine spezielle webbasierte grafische Benutzeroberfläche (GUI) entwickelt, die die REST-API nutzt, um eine einheitliche Funktionalität zu gewährleisten. In Übereinstimmung mit der übergeordneten Vision von NFDI4Chem und als Reaktion auf neue Anforderungen der Community werden sich künftige Verbesserungen auf die Extraktion von Metadaten aus konvertierten Dateien und deren Anpassung an das Schema „Minimum Information for Chemical Investigation“ (MIChI) konzentrieren. Diese Initiative soll die Qualität der in Forschungsrepositorien hinterlegten Daten erheblich verbessern und die FAIR-Prinzipien (Findable, Accessible, Interoperable, Reusable) im Bereich des chemischen Datenmanagements vorantreiben.

Converter Service Screenshot

Referenzartikel: