Der Workshop „The role and landscape of ontologies for the ELIXIR Communities“ war Teil der diesjährigen„ELIXIR All Hands“ in Thessaloniki (Griechenland). Der Workshop wurde von unserem TA4-Leiter Steffen Neumann mitorganisiert, und etwa 50 Teilnehmer diskutierten den aktuellen Stand der Integration von Ontologien in ELIXIR.
Danielle Welter aus Luxemburg begann mit einer komprimierten, 15-minütigen Version ihrer normalerweise 90-minütigen Einführung „Onto-what? Everything you (n)ever wanted to know about ontologies or were too embarrassed to ask ”.
Anschließend stellten Pance Panov (ELIXIR-SI) und Maria Traka (ELIXIR-UK) die „FNS-Harmony Ontology: Experiences and Lessons Learned“ aus der Food-and-Nutrition-Community vor, eine Anwendungsontologie zur Harmonisierung von Metadaten über Mikrobiomstudien, Interventionen, Lebensmittel und Bioaktivstoffe.
Der letzte Vortrag wurde von Manuel Feser (ELIXIR-DE, NFDI DataPlant) gehalten, der „Annotate your Research with Context“ mit ARC erläuterte, einer NFDI DataPlant-Aktivität für ontologiegestütztes RDM und damit verbundene Analysen, die auf dem ISA-Framework, unterstützenden Workflows und RO-Crates basieren.
Umfrage
Zwischen den Vorträgen füllten mehr als 30 Teilnehmer den vorbereiteten Online-Fragebogen aus, was ein vielfältiges und erfahrenes Publikum widerspiegelt. Die meisten Teilnehmer bezeichneten sich selbst als Entwickler von Werkzeugen (58 %) und Bioinformatiker (55 %), wobei die Ersteller von Ontologien (30 %) und die Wiederverwender von Daten (27 %) besonders stark vertreten waren. Die Teilnehmer gaben an, unterschiedlich viel über Ontologien zu wissen: 38 % waren Fortgeschrittene, 34 % Mittelstufe, 25 % Anfänger und nur 3 % Experten. Der Ontology Lookup Service (OLS) war die am häufigsten genutzte Ressource (73 %), gefolgt vom NCBO BioPortal (36 %) und direkten Projektwebseiten (33 %).
Zu den wichtigsten Herausforderungen zählten die Komplexität der Ontologielandschaft, Integrationsschwierigkeiten, mangelndes Wissen und fehlende Begriffe. Die Stärkung der Interoperabilität und die Förderung bewährter Integrationsverfahren erwiesen sich als die wichtigsten Aufgaben zur Verbesserung der Ontologie (beide mit 3,73 bewertet), gefolgt von der Verbesserung der Dokumentation und der Schulung mit 3,67. Das Interesse an einer Ressource in der Art eines FAIR-Kochbuchs war mäßig: 18 % der Teilnehmer waren bereit, dazu beizutragen, 21 % waren bereit, es zu nutzen, und 52 % äußerten potenzielles Interesse. Schließlich bevorzugten 65 % der Teilnehmer die Entwicklung oder Verwendung von Ontologien mit konsistenter und validierter Argumentation, was auf eine starke Nachfrage nach robusten, hochwertigen Ressourcen hinweist.
Schließlich standen die Organisatoren und alle Redner für Fragen zur Verfügung, und die anschließenden Diskussionen waren lebhaft und fruchtbar, wobei unterschiedliche Standpunkte zu Ontologieprinzipien zwischen Ontologiepuristen und -praktikern deutlich wurden, aber auch potenzielle Probleme bei der Entdeckung, Verwendung und Anpassung von Ontologien in ELIXIR (und anderswo) sowie mögliche nächste Schritte zur Verbesserung aufgezeigt wurden.
Ausblick
Ein mögliches Ergebnis könnte ein FAIR-Cookbook-Artikel über die Integration von Ontologien in Ihre Anwendungen sein, der sich an die Bioinformatiker und Tool-Entwickler richtet, die wir im Publikum hatten.
Die Teilnehmer wurden eingeladen, sich für die gemeinsame Gatersleben Research Conference (GRC) und das International Symposium on Integrative Bioinformatics (IB) 2025 vom 10. bis 12. September 2025 und den 4. Ontologies4Chem Workshop in Limburg an der Lahn vom 11. bis 13. November einzureichen.
Der Workshop wurde von Franck Giacomoni (FR, INRAe), Nils Hoffmann (DE, FZ Jülich), Monica Chagoyen (ES, CNB-CSIC), Claire Rioualen (FR, IfB), Helge Hecht (CZ, Recetox), Thomas Payne (UK, EMBL-EBI) und Steffen Neumann (DE, IPB Halle) organisiert.
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