Häufig gestellte Fragen (FAQ)
Disziplinen
Welche Disziplinen sind an NFDI4Chem beteiligt?
Wir werden uns auf die Molekularchemie konzentrieren, einschließlich der traditionellen Kerndisziplinen wie anorganische, organische und physikalische Chemie sowie analytische Chemie, Biochemie, Polymerchemie, pharmazeutische/medizinische Chemie und theoretische Chemie.
Was ist mit chemiebezogenen Bereichen wie der Toxikologie?
Wir konzentrieren uns auf die Chemie. Es gibt jedoch keine spezifische Einschränkung, welcher Anwendungsbereich die Dienste nutzt. Die Toxikologie zum Beispiel ist teilweise in die organische Chemie, die Biochemie oder die analytische Chemie eingebettet. Einige NFDI4Chem-Teilnehmer beschäftigen sich bereits aktiv mit toxikologischen Themen. Außerdem arbeiten wir mit anderen NFDI-Konsortien im Bereich der Biowissenschaften zusammen, einschließlich Konsortien im Bereich Medizin/Gesundheit. Die endgültige Vision des NFDI ist der Zugang zu allen Arten von Forschungsdaten in einem interdisziplinären Netzwerk.
Was ist mit anderen Bereichen wie der Elektrochemie?
Wir werden mit den oben genannten Teildisziplinen beginnen, sind aber offen für eine Erweiterung des Umfangs in der zweiten Projektphase. Wenn diese Bereiche auch in die Kernbereiche integriert werden können (z.B. organische Synthese), können sie natürlich von Anfang an berücksichtigt werden.
Anwendungsfälle
Negative Ergebnisse können nicht veröffentlicht werden, sind aber oft hilfreich. Besteht die Möglichkeit, diese mit NFDI4Chem zu teilen und zu verwenden?
Ja! Datenrepositorien machen Datenpakete dauerhaft zitierfähig und bieten somit eine große Chance, negative Ergebnisse zu veröffentlichen: Da Datenveröffentlichungen von selbst zitierfähig werden, können die Hürden für Online-Zeitschriften im Umgang mit negativen Ergebnissen gesenkt werden. Eine unbeantwortete Frage ist jedoch, wie negative Ergebnisse auf eine vernünftig auffindbare und wiederverwendbare Weise beschrieben werden können.
Wird es möglich sein, nur analytische Daten ohne die experimentelle Beschreibung (z. B. den Syntheseweg) zu “posten”?
Generell gilt, dass Sie alle Daten aufbewahren können, solange sie richtig beschrieben sind. Im Einzelnen hängt dies von den Anforderungen des Repositoriums oder der Zeitschrift ab – dies ist nicht speziell von NFDI4Chem definiert. Die Spektraldatenbanken/Repositorien NMRshiftDB und MassBank benötigen z. B. nur eine Molekularstruktur. Das experimentelle Verfahren kann natürlich immer zitiert werden!
Kann ich auch andere Open-Source-Tools verwenden, z. B. ein anderes ELN?
Ja. Ein übergeordnetes Ziel von NFDI4Chem ist die Entwicklung offener Standards und Protokolle, die von allen Softwareentwicklern übernommen werden können. Alle in NFDI4Chem vorgestellten Werkzeuge gelten als Referenzimplementierungen, sind aber nicht zwingend erforderlich.
Die Analyse beginnt mit der Versuchsplanung, der Feldforschung und der Probenverwaltung. Wird dies abgedeckt?
In Bezug auf das Chemotion-Repository nur als Teil der unstrukturierten Informationen. Die Entwicklung von Ontologie-Artefakten als kontrolliertes Vokabular zur Beschreibung von Orten ist geplant. Natürlich können bestimmte Repositorien diese Daten auf eine geeignetere Weise beschreiben.
Speichert NFDI4Chem Rohdaten oder nur ausgewertete, (vor)geprüfte Daten?
Das hängt vom jeweiligen Repositorium ab. Einige Repositorien wie NMRShiftDB arbeiten an automatischen Überprüfungsmechanismen. Es ist jedoch wichtig, dass der Stand der Überprüfung der Daten bzw. das Fehlen solcher Daten deutlich vermerkt wird.
Planen Sie, kommerzielle oder industrielle ELNs oder Repositorien zu integrieren?
Im Prinzip ja, wenn es geeignete Schnittstellen gibt. Diese Frage muss jedoch im Hinblick auf das jeweilige System geklärt werden und kann nicht allgemein beantwortet werden. Langfristig hoffen wir, dass die von NFDI4Chem gesammelten offenen Forschungsdaten es für kommerzielle Akteure attraktiv machen, mit unserer Infrastruktur zu interagieren.
Werden die Daten überprüft, um die Veröffentlichung falscher Datensätze zu verhindern?
Ja, tatsächlich werden die Daten manuell überprüft. Wir arbeiten auch an einer (teilweise) automatisierten Konsistenzprüfung.
Ist es möglich nachzuvollziehen, wer die Daten zuerst veröffentlicht hat?
Wir sind gerade dabei, einen Prüfpfad in ELN Chemotion zu implementieren. Auf diese Weise lassen sich alle Datenerhebungsvorgänge und anschließenden Änderungen verfolgen. Darüber hinaus wird der Prüfpfad dazu beitragen, die Reproduzierbarkeit der Datenanalyseprozesse zu erhöhen.
Muss zusätzlich zum ELN ein handschriftliches Laborjournal geführt werden?
Nein. Die allgemeinen Regeln der guten Laborpraxis können auch erfüllt werden, wenn nur ein ELN verwendet wird. Es bleibt jedem selbst überlassen, ob er ein zusätzliches handgeschriebenes Laborheft führen möchte oder nicht.
Was sind die Vorteile für Wissenschaftler*innen, Chemotion zu nutzen?
NFDI4Chem hat sich zum Ziel gesetzt, ein sogenanntes Smart Lab zu schaffen, das eine Kombination aus einem digitalisierten Laborjournal mit zusätzlichen Werkzeugen ist, um analytische Daten direkt in diesem System zu speichern und zu bearbeiten. Die Daten werden unter Berücksichtigung des FAIR-Prinzips vollständig digitalisiert und in ein organisiertes System integriert, das ständig gesichert wird. Darin können Wissenschaftler*innen z.B. Strukturen oder analytische Daten von Molekülen suchen und diese Daten mit anderen Forschern teilen oder die Daten mit wenigen Klicks für eine Veröffentlichung vorbereiten. Im Gegensatz zu handgeschriebenen Laborbüchern wird der Informationsfluss durch die Übergabe an nachfolgende Doktorand*innen nicht unterbrochen.
Wie zeitaufwendig ist ein ELN im Vergleich zu einem handgeschriebenen Laborbuch?
Natürlich ist die Umstellung auf ein ELN am Anfang zeitaufwendig. Nach dieser Orientierungsphase wird der gesamte Arbeitsablauf im ELN verwaltet und Sie sparen Zeit bei der Suche nach Daten (eigene oder von anderen Forscher*innen) oder bei der Vorbereitung einer Veröffentlichung. Die Verfügbarkeit von Forschungsdaten in vollständiger digitaler Form ermöglicht es Ihnen, Ihre Analysedaten genauer zu interpretieren, indem Sie Ihre Ergebnisse mit anderen Forschungsergebnissen vergleichen. Zusammenfassend lässt sich sagen, dass unser Ziel nicht darin besteht, erhebliche Mehrausgaben zu generieren, sondern die FAIRe Dokumentation der chemischen Arbeit zu erleichtern.
Wie einfach ist das ELN (Chemotion) zu bedienen?
Das Ziel von NFDI4Chem ist es, eine benutzerfreundliche Oberfläche zu schaffen, die von jedem intuitiv genutzt werden kann. Wir wollen ein ELN nicht für uns selbst entwickeln, sondern für die gesamte chemische Gemeinschaft. Deshalb werden wir regelmäßig Nutzerbefragungen durchführen, um die Probleme der Gemeinschaft zu kennen. Darüber hinaus werden wir Workshops veranstalten und planen derzeit einen Helpdesk-Support, um nur einige Dinge zu nennen.
Normen
Inwieweit sind internationale Gremien wie IUPAC, SI oder DIN an der Entwicklung von Normen beteiligt?
Wir werden Standards sowohl von unten nach oben als auch von oben nach unten entwickeln. Für das Top-Down-Verfahren werden IUPAC und DIN einbezogen. Die Teilnehmer*innen des NFDI4Chem-Konsortiums sind in den einschlägigen IUPAC-Ausschüssen vertreten.
Werden InChIs erfasst und verwendet?
Ganz genau! InChI (und InChIkey) werden wesentliche Identifikatoren für molekulare Einheiten sein. Namen, sekundäre Identifikatoren und Zeichnungen sind natürlich auch möglich.
Was ist mit gerätespezifischen Datenformaten?
Für die Kerndaten der chemischen Forschung werden wir uns bemühen, offene Formate zu entwickeln und einzuführen und die Hersteller zu ermutigen, diese in ihre Forschungsinstrumente zu integrieren. Bei älteren Instrumenten ist dies jedoch möglicherweise nicht möglich und muss durch Datenkonverter gelöst werden.
Sind die Gerätehersteller in den Entwicklungsprozess von Normen eingebunden?
Erste Kontakte zu Herstellern sind bereits geknüpft. Wir sind dabei, einen Industriebeirat zu bilden, an dem die Gerätehersteller beteiligt sind. Im Aufgabenbereich 2 SmartLab sind mehrere Strategien für die Geräteintegration definiert.
Wie lässt sich die Manipulation von Originaldaten aus der Forschung verhindern?
Dies ist ein entscheidender Punkt, der immer wieder diskutiert wird. Eine wichtige Maßnahme besteht darin, so viele Rohdaten wie möglich zu sammeln, da direkte Geräteausgaben schwieriger zu manipulieren sind als Bilder oder Ausdrucke von verarbeiteten Spektren. Auch eindeutige Instrumentensignaturen, Datenprüfsummen und Blockchain-Mechanismen können hilfreich sein. Dies hätte auch den Vorteil, dass die Urheberschaft oder Herkunft bestimmter Rohdaten eindeutig festgestellt werden kann, um die Veröffentlichung von Forschungsarbeiten zu verhindern, die auf unzulässig zitierten ausländischen Daten beruhen.
Welche Lizenzen können für die Veröffentlichung von Daten verwendet werden?
In der Vision der NFDI werden offene Daten unter Lizenzen wie CC-0 dringend empfohlen. Aber Sie können die Bedingungen während des Veröffentlichungsprozesses wählen. Sie können z. B. eine Sperrfrist festlegen, bevor die Daten endgültig für die Öffentlichkeit zugänglich sind.
Governance
Ist es noch möglich, NFDI4Chem beizutreten? Was sind die Anforderungen und welche Beiträge werden erwartet?
Ein Beitritt zur NFDI4Chem-Gemeinschaft ist jederzeit willkommen. Die Teilnahme an den Sitzungen der Interessengruppen ist jederzeit möglich und willkommen! Was die Finanzierung betrifft, so plant die DFG Programme für zusätzliche Mittel zur Unterstützung von Satellitenprojekten.
Wie wird der Schutz sensibler Daten in NFDI4Chem gewährleistet?
Grundsätzlich sollen alle in NFDI4Chem-assoziierten Repositorien gespeicherten Daten offen sein und bedürfen keines Zugriffsschutzes. In den seltenen Fällen, in denen Schutz der Daten notwendig ist, wird er jedoch durch Benutzerauthentifizierung und granulare Zugriffsrechte gewährleistet.
Wann ist es möglich, das ELN (Chemotion) zu testen?
Chemotion ist ein Open-Source-Projekt, das heißt, Sie können die Software jederzeit nutzen. Wenn Sie daran interessiert sind, ein Testkonto für eine begrenzte Zeit zu nutzen, ohne es auf Ihrem eigenen Server zu installieren, können Sie Chemotion verwenden, das auf dem Server des KIT installiert ist. Besuchen Sie uns unter https://chemotion.net/.
Wie ist es möglich, eigene Ideen in das Projekt einzubringen?
Wir würden uns freuen, wenn Sie das ELN und das Repository Chemotion nutzen und uns Ihr Feedback geben. Außerdem planen wir einen virtuellen Stammtisch (ab Januar 2021), um Probleme und mögliche Erweiterungen von Chemotion zu diskutieren.
