LISTER: Halbautomatische Metadatenextraktion aus kommentierter Experimentendokumentation in eLabFTW

Prof. Dr. Holger Gohlke

(Heinrich-Heine-Universität Düsseldorf, Institut für Pharmazeutische und Medizinische Chemie)

Die Dokumentation von Experimenten mit Metadaten für eine nachhaltige FDM -Praxis erfordert die Beteiligung der Nutzer*innen. Eine der größten Hürden für Benutzer*innen besteht darin, Metadaten von Grund auf manuell zu kommentieren. In unserem Ansatz versuchen wir, diese Beteiligung für Benutzer*innen zu minimieren. Wir verwenden das elektronische Laborjournal eLabFTW, um einen FDM -Workflow zusammen mit einem Annotationsmechanismus für die Extraktion von Metadaten zu erstellen. Der Arbeitsablauf umfasst die Verwendung kommentierter SOP- und Material- und Methodenabschnitte (MM) als Vorlagen, die für umfassende und effiziente Versuchsbeschreibungen wiederverwendet und/oder neu angepasst werden können. Wir gliedern diese Beschreibungen nach einem ISA-basierten Rahmen (System, Projekt, Studie und Veröffentlichung). Mit Hilfe der von uns entwickelten App LISTER können Metadaten dann automatisch aus den Experimentbeschreibungen extrahiert werden. Wir demonstrieren FDM-Workflow-Showcases für die Forschungsbereiche Molekularsimulationen und Wetlab-Biochemie. Später werden die entsprechenden Experiment-Forschungsdaten mit ihrem Rich-Metadata-Kontext in ein Forschungsdatenportal hochgeladen, so dass die Forschungsdaten mit minimalem Aufwand für Nutzer*innen auffindbar und zugänglich sind.